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Curso sobre Procesamiento y análisis de imágenes para científicos de la vida

Visión general del curso sobre Procesamiento y análisis de imágenes para científicos de la vida

Hoy en día, los métodos basados en imágenes son indispensables para los científicos de la vida. La microscopía óptica, especialmente, ha evolucionado desde observaciones esbozadas a simple vista, hasta adquisiciones multiplano, multicanal, multiposición y multimodo de alto rendimiento que producen fácilmente miles de imágenes ricas en información que deben cuantificarse de alguna manera para responder preguntas biológicas.

Este curso le enseñará conceptos básicos desde la adquisición de imágenes hasta el filtrado y la segmentación de imágenes, para ayudarlo a abordar los flujos de trabajo de análisis de imágenes simples por su cuenta. Todos los ejemplos utilizan soluciones de código abierto para permitirle ser independiente de las soluciones comerciales. Se hace hincapié en las buenas prácticas y las dificultades típicas en el análisis de imágenes.

Al final de este curso, podrá adaptar y reutilizar los flujos de trabajo para satisfacer sus necesidades específicas y contar con las herramientas y los conocimientos para adaptar y buscar el asesoramiento de la comunidad de analistas de imágenes en constante crecimiento, de la que formará parte ahora.

El curso es impartido por analistas de imagen senior con una larga experiencia laboral en una instalación central orientada al servicio.

Lo que aprenderás en este curso

  • Recordar los principios de formación de imágenes digitales
  • Comprender la percepción humana y el color.
  • Distinguir entre profundidades de bits
  • Usar tablas de búsqueda
  • Realizar operaciones matemáticas en imágenes
  • Aplicar filtrado a imágenes digitales
  • Comprender y utilizar técnicas de segmentación de imágenes.
  • Cree regiones de interés y extraiga resultados de imágenes segmentadas
  • Cómo realizar proyecciones y realizar imágenes en análisis
  • Aplicar deconvolución de color a imágenes de campo claro
  • Comprender los conceptos del lenguaje ImageJ Macro

Plan de estudio del curso

Semana 1: Imágenes digitales

  • Introducción a la formación de imágenes digitales y cómo los sistemas ópticos van de los objetos a las imágenes.

Semana 2: colores

  • Revisión de la percepción visual humana y el modelo de color RGB.
  • Introducción a los conceptos de profundidad de bits de imagen y tablas de búsqueda.

Semana 3: Operando en Imágenes

  • Introducción al escalado de imágenes, la interpolación y las operaciones matemáticas de las imágenes.
  • Por qué ciertas profundidades de bits son más adecuadas que otras.

Semana 4: Filtrado

  • Usar el filtrado de imágenes para mejorar o suprimir características en una imagen para facilitar el análisis posterior.
  • Cubrimos el filtrado lineal, no lineal y de Fourier con énfasis en ejemplos.

Semana 5: Segmentación de imagen

  • Introducción a la segmentación de imágenes y descripción general de los métodos disponibles (umbral, agrupamiento, aprendizaje automático) y operaciones morfológicas.

Semana 6: Regiones de interés

  • Pasando de objetos analizados a regiones de interés y tablas de resultados. Se enfatiza la mejor manera de obtener mediciones imparciales y producir flujos de trabajo de análisis de imágenes reutilizables.

Semana 7: colores y reducción de dimensionalidad

  • Introducción a los modelos de color y deconvolución del color. Descripción general del concepto de reducción de dimensionalidad a través de proyecciones de imágenes, redacción y aplicación para medir objetos en movimiento.
  • Semana adicional: ImageJ Macro Programming Prime
  • Presentación de principios básicos de programación aplicados al ImageJ Macro Language.
  • Curso intensivo sobre matrices de variables, bucles, condicionales, funciones macro disponibles y escritura de funciones personalizadas.

Procesamiento y análisis de imágenes para científicos de la vida

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